論文宣讀

臺灣土雞 (Taiwan Country chicken) 在臺灣家禽產業與文化佔有重要地位。其育種主要在近乎純系的族群中進行體重選拔，面臨生長與產蛋性狀平衡的挑戰。由於市場規模小，基因分型成本相對較高，限制了基因體選拔的推動。如何透過雜交生產系統建立產蛋能力優良的母系，同時維持生長相關性狀，並運用基因體選拔提升市場競爭力與選拔效率，是當前臺灣土雞育種的關鍵課題。本研究以第11至第13世代之興大土雞101品系 (NCHU-G101) 為對象，透過基於系譜之BLUP (PBLUP)、基因體BLUP (GBLUP) 及單步驟GBLUP (ssGBLUP) 模型估計育種價正確度，並結合全基因體關聯分析 (GWAS)，使用SNP-GWAS、GBLUP-GWAS及ssGWAS方法鑑定與生長及產蛋相關性狀關聯的SNP與基因。結果顯示，相較於傳統PBLUP模型，ssGBLUP模型估計的育種價在生長相關性狀的正確度提升4.3%至16.4%、產蛋性狀提升平均3.41%；而GBLUP模型在大多數性狀中的育種價正確度顯著最低。GWAS共發現312個與性狀相關的SNP，其中194個達5% Bonferroni全基因體顯著水準及七個錯義位點 (missense SNP)，可能與性狀表現有高度相關。這些結果證實，整合僅需部分個體基因分型的ssGBLUP模型與已識別的SNP，有提升遺傳改進及選拔效率的潛力，但仍需進一步探討其機制，並評估基因體選拔與分子標記輔助選拔在臺灣土雞育種計畫中的可行性。
 
關鍵字: 臺灣土雞、單步驟GBLUP、全基因體關聯分析、分子標記輔助選拔

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