| 口試日期：2025 |
| 學位類別：博士 |
| 指導教授：陳洵一 |
| 研究生：陳志峰 |
| 摘要 |
| 臺灣土雞在家禽產業與文化占有重要地位。長期以來，常見商用品系在近乎純系的族群選拔體重，導致產蛋能力下降，面臨生長與產蛋性狀平衡的挑戰。加上市場規模有限及品種多樣，使基因分型成本相對較高，限制基因體選拔 (genomic selection, GS) 的推動與應用。如何建立產蛋能力優良且同時維持生長相關性狀之母系，並運用基因體提升選拔效率，是當前臺灣土雞育種的關鍵課題。本研究以興大土雞101品系 (NCHU-G101) 為對象，應用基於系譜之最佳線性無偏估測 (pedigree-based best linear unbiased prediction, PBLUP)、基因體BLUP (genomic BLUP, GBLUP) 與單步驟GBLUP (single-step GBLUP, ssGBLUP) 模型，估計其生長與產蛋相關性狀育種價之正確度。研究亦結合全基因體關聯分析 (genome-wide association study, GWAS)，分別採用SNP-GWAS、GBLUP-GWAS與ssGWAS三種方法，鑑定與目標性狀關聯之單核苷酸多型性 (single nucleotide polymorphism, SNP) 及其所在之基因或基因體區域。結果顯示，ssGBLUP模型相較PBLUP模型於生長相關性狀育種價之正確度提升4.3%至16.4%，產蛋性狀平均提升3.41%。GWAS共鑑定312個與性狀關聯的SNP，其中194個達5% Bonferroni全基因體顯著水準，並發現7個錯義變異 (missense SNP)，具作為分子標記輔助選拔之潛力。整合僅需部分個體基因分型之ssGBLUP模型與鑑定的SNP，有提升遺傳改進及選拔效率的潛力，為建立平衡產蛋與生長之選拔策略，提供可行之技術與理論依據。 關鍵字：臺灣土雞、單步驟GBLUP、全基因體關聯分析、分子標記輔助選拔 |